Consortium

Le succès d’ATLASea dépend de la mise en œuvre d’un pipeline de production massive de données génomiques de haute qualité sur les espèces marines. Il s’agit donc d’une version à grande échelle de processus déjà largement maîtrisés par les partenaires du programme. À cet égard, le principal défi consiste à renforcer notre capacité à atteindre le débit souhaité tout en contrôlant les coûts et la qualité. Un deuxième défi important est d’articuler efficacement les principaux éléments du processus qui nous permettront d’échantillonner des organismes vivants dans la mer pour produire une version numérisée de leurs génomes dans des ordinateurs. Pour relever ces défis, nous avons organisé le programme ATLASea en trois Projets Ciblés (DIVE-Sea, SEQ-Sea, BYTE-Sea) qui constituent l’épine dorsale du pipeline de production de données.

La gouvernance d’ATLASea s’articule autour de trois comités qui interviennent à différentes fréquences et niveau de compétence. Au niveau le plus élevé, le Comité Institutionnel réunit les représentants du CEA et du CNRS, qui piloteront ce programme, et ceux d’Ifremer, du Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN), d’Aix-Marseille Université (AMU), de l’Université Paris Sciences Lettres (PSL) et de Sorbonne Université (SU), ainsi que les deux directeurs du PEPR. Ceux-ci fourniront un compte rendu d’activité et prendront l’avis du comité sur d’éventuelles orientations majeures du programme. À un niveau intermédiaire, le Comité Exécutif réunit les représentants des infrastructures de recherche et les représentant scientifiques des institutions pour passer en revue les progrès et résoudre d’éventuels verrous. Enfin, au plus près du terrain, le Comité de Coordination réunit les coordinateurs des Projets Ciblés et les directeurs du programme afin de prendre les décisions nécessaires à l’avancée des projets ciblés au fil de l’eau.

Ces comités appuieront l’action des directeurs pour réussir le challenge principal auquel fera face ATLASea : à partir de l’expérience solide acquise par les partenaires dans le domaine du séquençage et de l’analyse des génomes de la biodiversité, il s’agira de l’amplifier en maintenant un niveau de qualité dit « de référence » pour générer une ressource de haute confiance pour la biologie et les biotechnologies du futur.

Le programme de recherche exploratoire « ATLASea : Atlas des génomes marins »  bénéficie d’une aide de l’État gérée par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) à hauteur de 41,3 millions d’euros pendant 8 ans dans le cadre du plan d’investissement d’avenir « France 2030 ».

Le programme ATLASea s’inscrit dans un contexte international en étant affilé à différentes initiatives :

L’European Reference Genome Atlas (ERGA), visant à générer des génomes de référence représentatifs de la biodiversité européenne.

Le Earth Biogenome Project (EBP), qui a pour objectif de séquencer et cataloguer les génomes de toutes les espèces eucaryotes décrites actuellement sur Terre pendant dix ans.

Le Réseau d’observation des biomolécules océaniques (OBON) qui est un programme approuvé par la Décennie des Nations Unies pour les sciences océaniques au service du développement durable qui explore la vie océanique en analysant les biomolécules.